На тон звука, который издает вибрирующая струна влияет в основном три параметра - длина, масса и сила натяжения.

При прочих равных чем длиннее струна, тем ниже ее звучание; чем слабее натяжение, тем ниже звучание; чем тяжелее струна, тем ниже звучание.

Если сделать струны разной длины, то у гитары будет очень длинный гриф, что сделает ее абсолютно не мобильной.

Если изменить натяжение струн, то это может привести к повреждению грифа. Так как верхние струны не будут давать натяжение, а нижние будут перетянуты, то его начнет искривлять натяжение. Да и играть со струнами с разным натяжением будет не удобно. Остается только работать с весом, а сделать это проще всего изменяя толщину струны.